ดังนั้น มหาวิทยาลัยจึงปรับแผนการดำเนินงานในส่วนต่างๆ ให้สอดคล้องกับสภาวะแวดล้อมที่เปลี่ยนไป เพื่อให้ได้ผลการประเมินตามเกณฑ์ที่กำหนด จนในปีนี้ (ปี 2016) มหาวิทยาลัยมหิดลกลับมาเป็นอันดับ 1 ของประเทศไทยอีกครั้ง และเป็นอันดับที่ 70 ของโลกซึ่งถือเป็นมหาวิทยาลัยไทยเพียงแห่งเดียวที่ติด 1 ใน 100 มหาวิทยาลัยสีเขียวของโลก
สำหรับหลักเกณฑ์การประเมินในครั้งนี้มีด้วยกัน 5 ด้าน ได้แก่
ด้านที่ 1 การวางระบบโครงสร้างพื้นฐาน (Infrastructure) หมวดนี้มุ่งเน้นในเรื่องสัดส่วนพื้นที่สีเขียวต่อจำนวนนักศึกษาและบุคลากร รวมไปถึงงบประมาณด้านสิ่งแวดล้อมและการพัฒนาอย่างยั่งยืน
ด้านที่ 2 การจัดการพลังงานและการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ (Energy and Climate Change) หมวดนี้มุ่งเน้นการจัดการใช้พลังงานขององค์กรเป็นหลัก ซึ่งมหาวิทยาลัยมุ่งเน้นกิจกรรมและรณรงค์ให้นักศึกษาและบุคลากรหันมาใส่ใจในการประหยัดพลังงานอย่างจริงจัง ลดปริมาณการใช้พลังงานไฟฟ้า โดยการใช้พลังงานทดแทนให้มากขึ้น อาทิ การใช้พลังงานแสงอาทิตย์ การใช้พลังงานลมในการผลิตกระแสไฟฟ้าเพื่อใช้ภายในอาคาร การเปลี่ยนหลอดไฟในอาคารให้เป็นหลอด LED เพื่อประหยัดพลังงาน เป็นต้น
ด้านที่ 3 การจัดการน้ำ (Water) มหาวิทยาลัยมีนโยบายรณรงค์ให้นำทรัพยากรน้ำกลับมาใช้ใหม่ให้มากยิ่งขึ้น โดยมีการสร้างบ่อบำบัดน้ำเสียรวม เพื่อบำบัดน้ำเสียภายในมหาวิทยาลัยก่อนปล่อยลงสู่ธรรมชาติ หรือนำกลับมาใช้ประโยชน์ใหม่ อาทิ ใช้รดน้ำต้นไม้ ล้างรถและใช้สำหรับสุขภัณฑ์ในห้องน้ำ มีการปรับเปลี่ยนอุปกรณ์ต่างๆ เพื่อช่วยประหยัดน้ำ เป็นต้น
ด้านที่ 4 การสัญจร (Transportation) หมวดนี้ถือเป็นปัญหาสำคัญของมหาวิทยาลัยมหิดลในทุกพื้นที่และทุกวิทยาเขต เพราะส่วนงานภายในพื้นที่บางกอกน้อยและพญาไทมีภาคบริการด้านสุขภาพเป็นหลักสำคัญ ทำให้มีประชาชนภายนอกผ่านเข้าออกภายในเขตพื้นที่โรงพยาบาล และพื้นที่ที่มีการบริการวิชาการจากประชาชนภายนอกเป็นจำนวนมาก ซึ่งถือเป็นข้อจำกัดที่ไม่สามารถหลีกเลี่ยงได้ ประกอบกับปริมาณการใช้รถยนต์ส่วนบุคคลของบุคลากรและนักศึกษาที่เพิ่มสูงขึ้นภายในพื้นที่ศาลายา ส่งผลให้ปริมาณรถยนต์ และการปล่อยก๊าซเรือนกระจกจากรถยนต์เพิ่มขึ้น มหาวิทยาลัยจึงได้รณรงค์ให้นักศึกษาและบุคลากรใช้ระบบรถบริการรับ-ส่งของทางมหาวิทยาลัยในการเดินทางระหว่างพื้นที่และวิทยาเขตแทนการใช้รถยนต์ส่วนบุคคล โดยพื้นที่ศาลายาได้จัดให้มีจักรยานสาธารณะ (จักรยานสีขาว) หลากหลายรูปแบบ ให้บริการสำหรับนักศึกษา บุคลากรและผู้มาติดต่องาน มีรถรางให้บริการสำหรับการเดินทางโดยรอบภายในมหาวิทยาลัย เพื่อลดปริมาณยานพาหนะที่ใช้พลังงานฟอสซิส และปล่อยก๊าซคาร์บอนไดไซด์ภายในมหาวิทยาลัย
ด้านที่ 5 การจัดการของเสีย (Waste) ด้วยกระบวนการคัดแยกขยะและกิจกรรมธนาคารขยะรีไซเคิลภายในมหาวิทยาลัย ทำให้ม. มหิดลทำคะแนนส่วนนี้ได้ดี และได้ทำการขยายผลการดำเนินการในรูปแบบนี้ไปยังโรงเรียนที่อยู่ในเขตชุมชนใกล้เคียง และด้านสุดท้ายคือ การศึกษา (Education) มหาวิทยาลัยได้เพิ่มหลักสูตรการศึกษาที่มีเนื้อหาส่วนหนึ่งเป็นเรื่องของพัฒนาอย่างยั่งยืน ซึ่งสอดคล้องกับยุทธศาสตร์ของศาสตราจารย์คลินิก นายแพทย์อุดม คชินทร อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดลที่ให้ความสำคัญต่อการเป็นผู้นำในการดำเนินงานด้านสิ่งแวดล้อมและการพัฒนาอย่างยั่งยืนทั้งในภาคสถาบันอุดมศึกษาและภาคประชาสังคม
จาก 22 มหาวิทยาลัยในประเทศไทย
มหาวิทยาลัยมหิดล เข้าร่วมการจัดอันดับมหาวิทยาลัยสีเขียวของโลก จากมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมจัดอันดับทั้งสิ้น 516 แห่งทั่วโลก ผลปรากฏว่า มหาวิทยาลัยมหิดล ติดอันดับ 1 ใน 100 มหาวิทยาลัยสีเขียวระดับโลก โดยได้อันดับที่ 70 ของโลก และเป็นอันดับที่ 1 จาก 22 มหาวิทยาลัยในประเทศไทย
จากผลการสำรวจของ UI Green Metric World University Ranking 2016 ซึ่งจัดทำโดย University of Indonesia มหาวิทยาลัยในอินโดนีเซีย (UI) เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม 2559 ได้ประกาศให้มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันการศึกษาสีเขียวที่เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมเป็นอันดับที่ 70 ของโลก และถือเป็นอันดับที่ 1 ของประเทศไทย จากจำนวนมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมการจัดอันดับรวมทั้งสิ้นจำนวน 516 แห่งทั่วโลก โดยได้คะแนนรวมที่ 5,992 คะแนน จากเกณฑ์การประเมิน 6 ด้าน ดังนี้
1.การวางระบบโครงสร้างพื้นฐาน
2.การจัดการพลังงานและการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ
3. การจัดการของเสีย
4. การจัดการน้ำ
5. การสัญจร
6. การศึกษา
โดย “สุดยอดมหาวิทยาลัยสีเขียว” ของโลกประจำปี 2016 จากผลสำรวจในครั้งนี้ ได้แก่ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เดวิส (University of California Davis) ประเทศสหรัฐอเมริกา ซึ่งได้รับคะแนนจากการประเมินทั้ง 6 ด้านที่ 8,398 คะแนน